Arrêt Maladie Salarié : Que Faire en Tant qu’Employeur ? Checklist 2026 | ElanCommun

Par Élise · Freelance RH & Paie · Co-fondatrice d’ElanCommun | Temps de lecture : 8 min | Mis à jour : juin 2026

Un salarié vous appelle ce matin pour vous annoncer qu’il est en arrêt maladie. Vous raccrochez. Et maintenant ? Dans une TPE ou PME sans service RH structuré, c’est souvent là que les erreurs commencent. Oubli de l’attestation de salaire, visite de reprise non planifiée, maintien de salaire mal calculé, contre-visite médicale non diligentée… Chaque oubli peut avoir des conséquences légales ou financières réelles.

Voici la checklist complète de ce que vous devez faire et ne pas faire quand un salarié part en arrêt maladie, dans l’ordre chronologique.

À noter Des changements importants sur les arrêts de travail entrent en vigueur le 1er septembre 2026. Un encadrement renforcé des prescriptions est prévu. Cet article est à jour des règles applicables en juin 2026.

Sommaire

1. Ce que le salarié doit vous transmettre
2. Ce que vous devez faire dans les 5 jours
3. Pendant l’arrêt : vos droits et vos limites
4. Le maintien de salaire : qui doit quoi ?
5. Les visites médicales obligatoires
6. Le retour du salarié : les étapes clés
7. Ce que vous ne pouvez jamais faire
8. Récapitulatif : la checklist complète
9. FAQ — Vos questions sur l’arrêt maladie

1. Ce que le salarié doit vous transmettre

Le volet 3 de l’avis d’arrêt de travail

Dès qu’un salarié est en arrêt maladie, il doit vous transmettre le volet 3 de son avis d’arrêt de travail dans un délai de 48 heures. Ce document ne mentionne pas le motif médical il indique simplement la durée de l’arrêt et les conditions de sortie autorisées.

Si le médecin a télétransmis les volets 1 et 2 à la CPAM par voie dématérialisée, le salarié ne reçoit qu’une seule feuille à vous remettre. Si l’arrêt est en format papier (3 feuilles), le salarié doit envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM et vous remettre le volet 3.

Conseil terrain Si votre salarié ne vous transmet pas le volet 3 dans les 48 heures, vous êtes en droit de ne pas verser l’indemnité complémentaire patronale même si le salarié a l’ancienneté requise. Notifiez-le par écrit dès que possible.

Ce que vous devez vérifier à réception

• La date de début de l’arrêt
• La date de fin prévisible
• Les conditions de sortie : sortie libre, sortie autorisée dans les plages horaires 9h-11h et 14h-16h, ou sortie interdite
• Si le salarié a plusieurs employeurs, il doit vous transmettre l’original ou une copie du volet 3

2. Ce que vous devez faire dans les 5 jours

Établir et transmettre l’attestation de salaire à la CPAM

C’est votre obligation principale. Dès réception du volet 3, vous devez établir une attestation de salaire et la transmettre à la CPAM du salarié. Ce document permet à l’Assurance Maladie de calculer et verser les indemnités journalières.

Comment transmettre l’attestation :

• Via votre logiciel de paie (le plus rapide et le plus sûr)
• Via net-entreprises.fr
• Par voie postale à la CPAM (délai de traitement plus long)

Délai : pour les attestations non subrogées transmises via DSN, vous disposez de 5 jours à compter de la connaissance de l’arrêt.

Exception : si l’arrêt est prolongé pour le même motif, sans interruption, et que la durée totale ne dépasse pas 6 mois, vous n’avez pas à refaire une attestation de salaire.

Signaler l’arrêt en DSN

L’arrêt de travail doit être déclaré dans votre DSN mensuelle via un signalement de début d’arrêt. Si vous utilisez un logiciel de paie, ce signalement est généralement automatisé à partir de l’attestation de salaire.

Conseil terrain Le « dernier jour travaillé » à déclarer en DSN est la veille du début de l’arrêt même si ce jour n’a pas été effectivement travaillé. Par exemple, pour un arrêt qui commence un lundi, déclarez le dimanche comme dernier jour travaillé.

3. Pendant l’arrêt : vos droits et vos limites

Ce que vous pouvez faire

Organiser une contre-visite médicale

Vous avez le droit de faire contrôler votre salarié à son domicile par un médecin mandaté par l’employeur c’est la contre-visite. Si le salarié n’est pas présent à son domicile lors des horaires de présence autorisés (9h-11h et 14h-16h) sans justification, vous pouvez suspendre le versement de l’indemnité complémentaire patronale.

Maintenir le contact professionnel limité

Vous pouvez contacter votre salarié pour des raisons liées à la gestion de son absence (organisation du remplacement, transmission d’informations urgentes). En revanche, vous ne pouvez pas lui demander de travailler ou de se connecter à distance.

Ce que vous pouvez surveiller

Si votre salarié dispose d’une « sortie libre » sur son arrêt, il peut sortir à tout moment. Si la sortie est autorisée dans les plages horaires (9h-11h, 14h-16h), il doit être présent à son domicile sur ces créneaux y compris le week-end et les jours fériés. La CPAM peut effectuer des contrôles à domicile à tout moment.

4. Le maintien de salaire : qui doit quoi ?

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS)

Dès lors que le salarié remplit les conditions d’ouverture des droits, la CPAM verse des indemnités journalières à partir du 4e jour d’arrêt (délai de carence de 3 jours). Le montant maximum des IJSS est de 41,95 €/jour brut pour les arrêts prescrits à compter de février 2026.

Exception : en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, les IJSS sont versées dès le 1er jour, sans délai de carence.

L’indemnité complémentaire patronale

Si votre salarié a au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise et qu’il remplit les conditions légales, vous devez verser une indemnité complémentaire qui s’ajoute aux IJSS. Cette obligation s’applique à tous les employeurs, quelles que soient la taille de l’entreprise.

Attention Ces durées s’entendent sur une période de 12 mois consécutifs. Si le salarié a déjà été en arrêt dans l’année, les jours sont décomptés en cumulé. Vérifiez toujours le compteur avant de calculer.

Important : le maintien de salaire démarre au 8e jour d’arrêt en cas de maladie ordinaire (délai de carence de 7 jours côté employeur). Ce délai peut être réduit ou supprimé par votre convention collective vérifiez les dispositions applicables.

La subrogation

Si vous pratiquez la subrogation, vous continuez à verser le salaire habituel au salarié pendant l’arrêt, et la CPAM vous rembourse directement les IJSS. C’est plus simple pour le salarié, mais cela demande une gestion rigoureuse en paie.

Conseil terrain Depuis le 1er avril 2025, le plafond des IJSS a été abaissé, ce qui augmente mécaniquement la part complémentaire à votre charge. Vérifiez que votre convention collective prévoit une couverture prévoyance suffisante, en particulier pour les cadres.

5. Les visites médicales obligatoires

La visite de pré-reprise (à partir de 30 jours d’arrêt)

Pour les arrêts de plus de 30 jours, le médecin du travail peut organiser une visite de pré-reprise à la demande du salarié, du médecin traitant ou du médecin-conseil. Cette visite permet d’anticiper les éventuels aménagements de poste ou un reclassement.

Nouveauté – décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 (en vigueur dès le 15 juin 2026) Désormais, l’employeur est systématiquement informé de l’organisation de la visite de pré-reprise, même si le médecin n’émet aucune préconisation. Exception : si le salarié s’y oppose expressément, l’employeur n’en est pas informé (droit de veto pour raisons de confidentialité).

La visite de reprise (obligatoire à partir de 60 jours)

Pour les arrêts de 60 jours ou plus, vous avez l’obligation d’organiser une visite médicale de reprise auprès du médecin du travail dans les 8 jours suivant la reprise.

Nouveauté – décret n° 2026-503 du 15 juin 2026 : la visite de reprise n’est pas obligatoire si les trois conditions suivantes sont réunies simultanément :

• Une visite de pré-reprise a eu lieu dans les 30 jours précédant la reprise
• Le médecin du travail n’a préconisé aucune restriction ni aménagement de poste
• Ni le salarié, ni l’employeur, ni le médecin n’ont demandé le maintien d’une visite de reprise

Si l’une de ces conditions n’est pas remplie, la visite de reprise reste obligatoire dans les 8 jours suivant la reprise.

Jurisprudence Cour de Cassation, 14 janvier 2026 (n°24-19652) L’employeur ne peut pas invoquer un abandon de poste si le salarié attend la visite de reprise que l’employeur n’a pas organisée. Tant que la visite n’est pas réalisée, le contrat de travail reste suspendu.

L’entretien de retour (bonne pratique)

Pour tout arrêt, même court, un entretien de retour est fortement recommandé. Ce n’est pas un entretien disciplinaire c’est un moment d’accueil bienveillant pour s’assurer que le salarié reprend dans de bonnes conditions, détecter un éventuel besoin d’accompagnement, et réintégrer le salarié dans la dynamique de l’équipe.

Notre Pack Entretiens RH inclut une trame dédiée à l’entretien de retour après arrêt bienveillante, structurée, prête à l’emploi.

6. Le retour du salarié : les étapes clés

Rappel Depuis la réforme de 2023, les congés payés continuent de s’acquérir pendant un arrêt maladie, qu’il soit d’origine professionnelle ou non. Un salarié peut revenir de 6 mois d’arrêt avec des droits à congés payés acquis vérifiez ce point avant la reprise.

7. Ce que vous ne pouvez jamais faire

8. Récapitulatif : la checklist complète

Dès réception de l’avis d’arrêt (J+0 à J+5)

☐ Vérifier que le volet 3 vous a bien été transmis dans les 48 heures
☐ Vérifier la date de début, la date de fin et les conditions de sortie
☐ Établir l’attestation de salaire et la transmettre à la CPAM (dans les 5 jours)
☐ Signaler l’arrêt en DSN
☐ Organiser le remplacement ou la redistribution des tâches

Pendant l’arrêt

☐ Calculer le maintien de salaire si le salarié a plus d’1 an d’ancienneté
☐ Vérifier les dispositions de votre convention collective (délais et taux pouvant être plus favorables)
☐ Prévoir une contre-visite médicale si vous avez des doutes (arrêt long ou répétitif)
☐ Organiser la visite de pré-reprise dès 30 jours d’arrêt si nécessaire

Au retour du salarié

☐ Organiser la visite de reprise (obligatoire si arrêt ≥ 60 jours, dans les 8 jours)
☐ Conduire l’entretien de retour dès le premier jour
☐ Signaler la reprise en DSN
☐ Vérifier les droits à congés payés acquis pendant l’arrêt
☐ Vérifier que le compteur de maintien de salaire est correctement mis à jour

Besoin d’aide pour gérer un arrêt maladie ou structurer votre process RH ?

9. FAQ – Vos questions sur l’arrêt maladie

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À propos de l’auteure
Élise est freelance RH & Paie et co-fondatrice d’ElanCommun, une plateforme de ressources RH et logistiques conçue pour les dirigeants de TPE/PME. Avec plusieurs années d’expérience en gestion des ressources humaines et en administration du personnel dans l’industrie, elle accompagne les employeurs dans la structuration de leurs process RH, du recrutement à la sortie du salarié. Retrouvez ses ressources sur elancommun.fr.

Cet article a été mis à jour en juin 2026. Les informations légales sont données à titre indicatif et peuvent évoluer. Sources : ameli.fr, service-public.fr, code.travail.gouv.fr, LégiSocial, PayFit, LegalStart, Code du travail (articles L1226-1 et suivants).